巧克力是非常脆弱、娇贵的产品，储存条件很讲究，除了避免阳光照射、发霉外，储存的地方不应有怪味，最重要的是温湿度的控制。
巧克力的熔点在36℃左右，是一种热敏性强，不易保存的食品。储存温度应该控制在12-18℃之间，相对湿度不高于65%。储存不当会发生软化变形、表面斑白、内部翻砂、串味或香气减少等现象。
打开包装后或没有用完的巧克力必须再次以保鲜膜密封，置于阴凉、干燥及通风之处，且温度恒定为佳。巧克力酱或馅料必须放入保鲜柜中储存。
巧克力若置于温度过高之处，表面会出现大片条纹或斑点。若置于湿冷的环境下，可能会出现灰白色的薄膜，这些变化对巧克力的香气和质地不会有太大影响，仍可用于料理和烘焙。
保存得宜的话，纯巧克力及苦甜巧克力可以放上一年以上，牛奶巧克力及白巧克力不宜存放超过六个月。白巧克力存放过久，也许口味无异，但会比较不容易融化。
总得来说随着内容物的不同，巧克力保质的时间会有所增减。尤其是添加鲜奶（或牛奶成份较高）、榛果类的巧克力产品，因为牛奶及榛果的保存期限不长，相对缩短了巧克力的保存期间，购买时不但要注意制造日期，回家保存时也要记得越快吃完越好。如果你有一个很凉快的房间的话，巧克力是不需要存放在冰箱中的。巧克力虽然不一定保存在冰箱中，但必须保存在一种可以阻止霉菌生长的密封容器中，在通常情况下，应该拿到室温环境后再打开包装。。
